تعرضت الجماعة بعد تولي السيسي الحكم لعمليات تصفية ممنهجة لضرب هيكلها التنظيمي وشل قدرتها على إعادة بناء قواعدها واستعادة حضورها. ورغم صدور العديد من البيانات التي بشرت بقرب نهاية الإخوان، إلا أن النظام فشل في تحقيق ذلك.